W latach 1998–1999 zmieniono więźbę dachową, wymieniono wiele elementów na ławie fundamentowej, na nowo oszalowano. W ostatnich dniach dwuletniego remontu sprawdzono stan otynkowanych tzw. lisic. Kiedy usunięto z jednej tynk i odsunięto spróchniałą belkę od ściany, ukazała się postać malowidła św. Augustyna na belce zrębowej. Wizyta w archiwum gnieźnieńskim przyniosła zapiski o malowidłach na stropach i ścianach świątyni gąsawskiej. Po kilku etapach zdjęcia tynku ze stropu i ścian ukazał się zespół malowideł ściennych – iluzjonistycznych, wielowarstwowych, nakładających się. Dużo symbolizmu. Jedna z warstw została dokładnie datowana na 1705–1706. Duże połacie malowideł historycy sztuki i konserwatorzy nazywają arrasami, gobelinami. Malowidła nawy odrestaurowano z funduszu Ministerstwa Kultury w roku 2003.