Po powrocie do ojczyzny, w 1858 r. Cuza został ministrem wojny. Jako świetny mówca agitował za połączeniem Mołdawii i Wołoszczyzny. Korzystając z poparcia europejskich potęg 17 stycznia 1859 r. został obrany księciem Mołdawii. Kilkanaście dni później w Bukareszcie tron wołoski powierzono księciu Bibescu. Wywołało to zamieszki uliczne w mieście. W powtórzonym pod naciskiem ulicy głosowaniu 5 lutego jednogłośnie obwołano Cuzę również księciem Wołoszczyzny, co doprowadziło do unii personalnej obu państw. W 1861 r. władzę Aleksandra J. Cuzy na tych ziemiach potwierdził sułtan turecki Abdülaziz.
Książę zjednoczonej Rumunii Dwa lata później Cuza, który dotąd władał dwoma faktycznie niezależnymi państwami, zjednoczył Mołdawię i Wołoszczyznę w jeden organizm państwowy – Rumunię ze stolicą w Bukareszcie. Po tym wydarzeniu Cuza, panujący odtąd jako Aleksander Jan I, rozpoczął serię reform. Pierwszą z nich była decyzja o sekularyzacji dóbr klasztornych. Patriarchatowi Konstantynopola, do którego część z tych klasztorów należała, zaproponowano rekompensatę, lecz patriarcha Konstantynopola zerwał negocjacje na jej temat. Po kilku latach rząd rumuński wycofał się z tej propozycji. Reforma uwłaszczeniowa przysporzyła mu wielu przeciwników, zwłaszcza wśród konserwatystów.