Na północy największe ich skupienie znajduje się w pasie pojezierzy od Pojezierza Lubuskiego po Pojezierze Suwalskie, na południu w środkowych Sudetach, na Wyżynie Śląskiej, Małopolskiej, Lubelskiej, Roztoczu, na Pogórzu Śląskim, w Kotlinie Żywieckiej, Tatrach i Pieninach.
W Karpatach największe skupienia stanowisk są w Tatrach Zachodnich (kilkanaście stanowisk) i Pieninach (10 stanowisk). W całych Tatrach łącznie obuwik występuje na ponad 40 stanowiskach. W polskich Tatrach główne skupiska obuwika pospolitego znajdują się w Tatrach Zachodnich. Najliczniejsza populacja rośnie w masywie Sarniej Skały na Grześkówkach, na wysokości około 1050 m, oraz w okolicach Końskiego Żlebu w Dolinie Strążyskiej, natomiast najwyżej położone stanowisko zlokalizowano na Upłaziańskiej Kopie (1770 m n.p.m.).
Rozmieszczenie stanowisk jest bardzo nierównomierne i warunkowane jest głównie występowaniem gleb wapiennych. Największe skupisko populacji odnotowuje się w Małopolsce na terenach Niecki Nidziańskiej, Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej, Wyżynie Lubelskiej oraz na Roztoczu.