Druga część warszawskiego Instytutu znajduje się przy EC Siekierki.
W 1979 Instytut Energetyki koordynował problem węzłowy dotyczący zwiększenia efektywności gospodarki energetycznej kraju i unowocześnienia elementów składowych systemu elektroenergetycznego. Za opracowanie i uruchomienie produkcji nowoczesnych układów automatyki dla urządzeń elektroenergetycznych zespół pracowników Instytutu otrzymał Nagrodę Państwową.
Warszawska część Instytutu specjalizuje się w badaniach laboratoryjnych związanych z przesyłem energii (Mory – dzielnica Bemowo) i jej wytwarzaniem (Siekierki – dzielnica Mokotów). W Zespole Ogniw Paliwowych stanowiącym część Zakładu Procesów Cieplnych w Pionie Cieplnym w Warszawie oraz w Oddziale Ceramiki „CEREL” w Boguchwale prowadzone są badania w zakresie ogniw paliwowych, w szczególności stałotlenkowych ogniw paliwowych (SOFC). Zespół Ogniw Paliwowych opracował szereg nowatorskich rozwiązań, w tym stworzył pierwszy polski układ kogeneracyjny bazujący na ogniwach SOFC o mocy elektrycznej 2 kW i mocy cieplnej do 2 kW.