rundzie pucharu Bordeaux pokonało Groclin Dyskobolię Grodzisk Wielkopolski, a Mavuba wystąpił wówczas w obu tych spotkaniach. W lidze Bordeaux zajęło jednak dopiero 12. miejsce w lidze. W sezonie 2004/2005 Mavuba był już jednak podstawowym zawodnikiem "Żyrondystów" i rozegrał wówczas wszystkie 38 meczów ligowych, ale jego klub zajął jeszcze gorsze niż w poprzednim sezonie miejsce, bo dopiero 15. Przed sezonem 2005/2006 zmienił się szkoleniowiec w zespole Bordeaux. Michela Pavona zastąpił Brazylijczyk Ricardo Gomes i właśnie wraz z tym trenerem przyszły również sukcesy. Bordeaux wywalczyło wówczas wicemistrzostwo Francji. W Girondins występował do końca sezonu 2006/2007 - 6. miejsce w lidze oraz gra w fazie grupowej Lidze Mistrzów.
Latem 2007 Mavuba odszedł z drużyny i za 7 milionów euro przeszedł do piątej drużyny Primera División, Villarreal CF. Zadebiutował w nim 28 października 2007 roku w przegranym 1:4 wyjazdowym meczu z Realem Saragossa. W Villarrealu rozegrał tylko 5 spotkań.