W 1850 został powołany do rady rządowej, gdzie kontynuował swą opozycję w stosunku do tych dążeń. W swej działalności podkreślał nie tylko swe antydemokratyczne nastawienie, lecz także będąc członkiem kościoła anglikańskiego, sprowadził konflikt polityczny na platformę religijną. Ostatecznie ta polityka doprowadziła do powstania szerokiej koalicji katolicko-protestanckiej (z wyłączeniem prawomyślnych anglikanów). Tej koalicji udało się doprowadzić do dymisji zachowawczej rady i skłonić władze kolonialne do nadania Nowej Fundlandii statusu samorządnego dominium. Po tym fakcie Bennett wycofał się z polityki poświęcając się przedsiębiorczości. Jego powrót do czynnego życia politycznego zbiegł się z rozwojem dążeń unijnych brytyjskich kolonii w Ameryce Północnej. Bennett uważnie obserwował rozwój sytuacji i wkrótce stał się zaciekłym przeciwnikiem Konfederacji Kanady. Jego krytyka przystąpienia Nowej Fundlandii do nowo tworzonego organizmu politycznego opierała się na zagrożeniu wzrostem podatków, utracie rynków oraz niebezpieczeństwie migracji mieszkańców wyspy na kontynent. Swe anty konfederacyjne nastawienie propagował w lokalnej prasie pisząc serię artykułów w formie listów. Do roku 1869 był już niekwestionowanym liderem ruchu anty konfederacyjnego.