thumb|left|Sektory operacyjne dla okrętów podwodnych w Planie „Worek” Pozostałe okręty nawodne, czyli duży stawiacz min ORP „Gryf” – największa jednostka floty oraz dywizjon minowców z sześcioma trałowcami typu Jaskółka i dwiema kanonierkami – miały w operacji Rurka postawić zagrody minowe w celu utrudnienia żeglugi na Zatoce Gdańskiej, szczególnie w komunikacji między III Rzeszą a Prusami Wschodnimi. Zadaniem okrętów podwodnych było zajęcie pozycji na południowym Bałtyku, atakowanie jednostek pływających nieprzyjaciela oraz stawianie min. Bardziej defensywne wykorzystanie okrętów podwodnych, które miały być rozmieszczone wzdłuż Półwyspu Helskiego oraz w samej Zatoce Gdańskiej, przewidywał plan Worek. Był on nastawiony głównie na obronę baz morskich w związku z przewidywaną przewagą sił niemieckich.
Innych możliwych działań okrętów wojennych, takich jak bezpośrednia walka z nieprzyjacielskimi jednostkami, osłona własnych linii komunikacyjnych, czy też wsparcie dla własnych oddziałów lądowych, nie planowano. Przyczyną tego był brak odpowiedniej ilości sił. Natomiast większość jednostek Polskiej Marynarki Handlowej postanowiono przenieść do portów państw alianckich lub neutralnych, tak aby nie narażać ich na niebezpieczeństwo.