W 1944 roku powrócił do Kostaryki gdzie założył centrolewicową Partię Demokratyczną.
Opowiadał się za przereformowaniem Kostaryki na wzór socjalistyczny, obarczając zarzutami korupcji i defraudacji rząd Rafaela Calderona. W 1945 i w 1946 bezskutecznie dążył do jego obalenia. W 1947 roku na swojej farmie zainicjował trening własnych siedmiusetosobowych oddziałów, które nazwał Armią Wyzwolenia Narodowego. Składały się głównie z właścicieli ziemskich i studentów. Po próbie sfałszowania wyborów podjętej przez Teodoro Picado Michalskiego 10 marca 1948 rozpoczął pięciotygodniową wojnę domową, w której odniósł zwycięstwo. Figueres stanął na czele junty (Junta Fundatora), objął też stanowisko ministra spraw zagranicznych. Taki był początek II Republiki Kostaryki. Rząd nadał prawa wyborcze kobietom i ludności murzyńskiej (unieważnienie zakazu opuszczania przez nią prowincji Limon), zagwarantowała edukację publiczną dla wszystkich obywateli, zabraniała dwukrotnemu z rzędu kandydowaniu na prezydenta kraju, upaństwowiła banki, a także wprowadziła instytucję Trybunału Wyborczego, mającego nadzorować przebieg każdych kolejnych w przyszłości wyborów prezydenckich. W miejsce koszar zlikwidowanej armii kostarykańskiej powstało Muzeum Narodowe.