Dobra gra spowodowała, że zespół z Zadaru powrócił w szeregi pierwszej ligi.
Sezon 1998/1999 nie był jednak udany dla zadarskiego zespołu. Drużyna zajęła 10. miejsce w lidze, ale zdobyła tyle samo punktów co 11. w tabeli NK Slaven Belupo. Taka sytuacja według regulaminu ligi wymagała rozegranie dodatkowego meczu, który wygrali piłkarze z Koprivnicy. To spowodowało drugą w historii degradację NK Zadar. Tym razem zespół potrzebował 2 lat na awans do elity, a pomogła w tym także kolejna reorganizacja ligi, wskutek której zwiększono ją do 16 drużyn.
W następnym sezonie pierwsza liga znów została pomniejszona do 12 zespołów. Jednak od tego czasu NK Zadar grał dużo lepiej niż w poprzednich latach. W sezonie 2003/2004 w rundzie zasadniczej zajął nawet 6. miejsce, co spowodowało grę w grupie o mistrzostwo kraju. Ostatecznie Zadar zakończył ten sezon na 6. miejscu w tabeli.