Ładunek naukowy satelity i jego program naukowy był zarządzany przez specjalnie powołane konsorcjum instytutów włoskich i holenderskich: Istituto Astrofisica Spaziale, Rzym Istituto di Fisica Cosmica ed Applicazioni Informatica, Palermo Istituto Fisica Cosmica e Tecnologie Relative, Mediolan Istituto per le Tecnologie e Studio Radiazioni Extraterrestri, Bolonia i Universita' di Ferrara Holenderski Instytut Badań Kosmicznych SRON Departament Nauk Kosmicznych (SSD), ESA
W testach przyrządów pomagał Max Planck Institute for Extraterrestrial Physics (Instytut Fizyki Pozaziemskiej im. Maxa Plancka). Satelitę wykonały głównie firmy włoskie: Alenia Spazio i Nuova Telespazio.
Przebieg misji Wystrzelony w 1996 satelita miał pracować dwa lata, jednak jego misję przedłużono aż do 30 kwietnia 2002. Później jego orbita zaczęła gwałtownie się obniżać oraz następowały częste usterki. 29 kwietnia 2003 dokonano deorbitacji satelity. Szczątki satelity spadły do Oceanu Spokojnego około godziny 22:06 UTC (± 7 minut), w odległości 320 km na północny zachód od Wysp Galapagos.
Do marca 2002 na podstawie danych z BeppoSAX opublikowano ponad 1500 prac naukowych.