Kora węzła Kora (ang. cortex) leży obwodowo w węźle chłonnym. Poszczególne struktury oddzielone są od siebie beleczkami promienistymi (na rycinie oznaczone trabeculae). Wzdłuż nich leżą zatoki promieniste. W korze wyróżnia się trzy warstwy: warstwa zewnętrzna – z większą ilością limfocytów B. W warstwie tej powstają grudki limfatyczne podczas odpowiedzi immunologicznej. Kora węzła limfatycznego jest nazywana obszarem grasiczoniezależnym. warstwa pośrednia i głęboka – nazywana także łącznie strefą przykorową (parakortykalną) posiada słabiej rozbudowaną tkankę limfatyczną. Ze względu na przewagę limfocytów T obszar ten nazywany jest obszarem grasiczozależnym.
Rdzeń węzła Rdzeń (ang. medulla) położony jest wewnętrznie do kory. Składa się on z nieregularnie przebiegających beleczek rdzennych, odchodzących od beleczek promienistych kory oraz biegnących wzdłuż nich zatok rdzennych. Trzecią strukturą są sznury rdzenne – tam znajdują się plazmocyty produkujące immunoglobuliny w odpowiedzi na antygeny.
Przepływ limfy Przepływ limfy jest podobny dla każdego węzła. Chłonka wnika przez otoczkę, przechodzi do zatoki brzeżnej, następnie poprzez zatoki promieniste, zatoki rdzenne przechodzi do naczyń odprowadzających wychodzących z wnęki.