Konrad miał przekonać Elżbietę do surowych praktyk pokutnych, co osłabiło jej organizm do tego stopnia, że zmarła w wieku zaledwie 24 lat, 17 listopada 1231. Konrad był później świadkiem w jej procesie kanonizacyjnym.
Kiedy w 1225 legat papieski Konrad von Urach zwołał do Moguncji narodowy synod niemiecki, który zatwierdził wszystkie kanony reformy kościoła, przyjęte jeszcze na Soborze Laterańskim w 1215, Konrad z Marburga został wyznaczony pomocnikiem legata.
Konrad był jednym z najbliższych współpracowników papieża Grzegorza IX. W 1227 otrzymał od papieża upoważnienie pozwalające rozwiązać problem dotyczący nieprzestrzegania celibatu przez księży w Niemczech. Rozwiązanie problemu miało polegać na zmuszeniu księży do oddalenia swych konkubinUta Ranke-Heinemann, Seks odwieczny problem Kościoła. Warszawa 2015, s.117.. Papież wysłał go też na przeszpiegi do grupy niemieckich heretyków, zwanych lucyferianami. Mianując go 11 października 1231 pierwszym inkwizytorem papieskim Niemiec, dał mu nadzwyczajne uprawnienia.