W czasie ewakuacji Legionu w 1918 koleją transsyberyjską zaczęły się walki między legionistami a bolszewikami. Czechosłowaccy żołnierze szybko opanowali sporą część kolei na wschód od Wołgi. Gajdzie podlegały tereny od Nowonikołajewska (dziś Nowosybirska) na północ do Irkucka. Agresywna taktyka, czasem sprzeczna z rozkazami dowódców, pozwoliła mu pokonać bolszewickie oddziały. Największym sukcesem było zajęcie Permu (24 grudnia 1918), gdzie Legion wziął 20 tys. jeńców, 60 dział, 1 tys. karabinów maszynowych i flotę statków na zamarzniętej rzece Kamie.
Gajda cieszył się popularnością zarówno wśród żołnierzy czechosłowackich, jak i innych białych oddziałów. Awansował na generała-majora i nazywany był „Syberyjskim Atamanem” lub „Syberyjskim Tygrysem”. Wkrótce przyjął propozycję dowodzenia w armii Aleksandra Kołczaka. Jednak tu kariera była mniej udana – Armia Czerwona zaczęła przejmować inicjatywę, podczas gdy oddziały Kołczaka kurczyły się. Gajda został odwołany 5 lipca 1919 r. pod zarzutem rozrzutnego życia i zapędów dyktatorskich. Po wywołaniu we Władywostoku nieudanego buntu przeciwko Kołczakowi w listopadzie 1919 zbiegł z Syberii i statkiem udał się do Europy.