W lutym 1962 Jodorowsky inicjuje razem z Fernando Arrabalem i Rolandem Toporem tzw. Mouvement panique (Ruch Paniczny), który opierał się na trzech podstawowych elementach: terrorze, humorze i spontaniczności. Patronem ruchu był grecki Pan, a inspiracją twórczość Luisa Buñuela i teatr okrucieństwa Antonina Artauda. Jedną z form działalności był Teatr paniczny. Występy miały charakter eksperymentalny.

W latach 60. i 70. Jodorowsky pracował w Paryżu i Meksyku, wystawiając ponad sto przedstawień. Reżyserował zarówno własne sztuki, jak i sztuki napisane przez Becketta, Ionesco, Strindberga, czy Leonorę Carrington. Od 1966 zaczyna tworzyć komiksy w duchu Ruchu Panicznego, zarówno samodzielnie, jak i we współpracy z rysownikiem Jeanem „Moebiusem” Giraudem.

W tym samym czasie wraca do twórczości filmowej, kręcąc pierwszy pełnometrażowy film Fando i Lis, a dwa lata później surrealistyczny western Kret (El Topo). W 1973 powstaje Święta góra (La montaña sagrada).

W 1975 Jodorowsky rozpoczął pracę nad adaptacją Diuny Franka Herberta, jednakże prace nad filmem zostały przerwane.