Federalna Republika Jugosławii, Serbia i Czarnogóra, Serbia Najlepszą lokatą osiąganą w lidze przez Vojvodinę w latach 90. było miejsce trzecie. W sezonie 1992/1993 Vesko Mihajlović z Vojvodiny z 22 golami został królem strzelców ligi. W 1997 roku Vojvodina dotarła do finału Pucharu Jugosławii. Rok później uległa niemieckiemu Werderowi Brema w finale Pucharu Intertoto.
W sezonie 2006/2007 okazała się gorsza od FK Crvena zvezda w finale Pucharu Serbii. Dwa lata później została po raz pierwszy po rozpadzie Jugosławii wicemistrzem ligi. 11 maja 2011 Vojvodina mierzyła się w finale pucharu kraju z FK Partizan. W 83. minucie spotkania, przy wyniku 2:1 dla Partizana, piłkarze Vojvodiny opuścili boisko na znak protestu przeciwko, ich zdaniem, tendencyjnemu sędziowaniu przez Slobodana Veselinovicia. Ostatecznie rezultat został ustalony jako walkower 3:0 dla Partizana, a Veselinović został zawieszony na osiem spotkań za swoje błędy. W sezonie 2012/2013 Vojvodina po raz kolejny dotarła do finału Pucharu Serbii. Rok później przegrała w rundzie play-off Ligi Europy z mołdawskim Sheriffem Tyraspol, eliminując wcześniej maltański Hibernians FC, węgierski Budapest Honvéd FC i turecki Bursaspor. W sezonie 2013/2014 Vojvodina po raz pierwszy zdobyła puchar kraju.