1 października 1990 W wyniku przeprowadzonego przez Ministerstwo Zdrowia konkursu, na stanowisku Dyrektora, Marię Goncerzewicz zastąpił prof. Paweł Januszewicz, który pełnił tę funkcję do końca 2000 roku.
19 grudnia 1995 Na mocy rozporządzenia Rady Ministrów RP Centrum Zdrowia Dziecka uzyskało status prawny jednostki badawczo-rozwojowej i nazwę: Instytut „Pomnik – Centrum Zdrowia Dziecka”.
22 października 2007 Instytut „Pomnik – Centrum Zdrowia Dziecka” świętował jubileusz 30-lecia.
styczeń 2013 Audyt przeprowadzony na zlecenie Ministerstwa Zdrowia ujawnił znaczną skalę niegospodarności i przerosty zatrudnienia, skutkujące zadłużeniem sięgającym 270 mln złDo kwoty wykazywanych zobowiązań należy dołożyć kwotę około 35 mln zobowiązań nieujawnionych, a wynikających z braku księgowania odsetek [..] placówka podpisywała niekorzystne dla siebie umowy spłaty długów z wierzycielami wtórnymi [..] W Instytucie zatrudnionych jest aż 131 sekretarek. [..] Diagnostykę laboratoryjną wykonuje dla Instytucie (i w jego budynku) firma zewnętrzna ALAB Laboratoria. Z raportu wynika, że jej usługi są kilkukrotnie wyższe niż w innych takich laboratoriach. Pomimo że IPCZD posiada w Zakładzie Radiologii Pracownię USG, badania usg wykonywane są przez dwie prywatne spółki.