W okresie Wielkiego Kryzysu wszystkie przedsiębiorstwa Hugo Junkersa popadły w trudności finansowe. Najpierw, na początku marca 1930 Junkers Motorenbau GmbH została zmuszona wystąpić do wierzycieli o ugodę i odroczenie płatności. Sytuacja zaostrzyła się tak bardzo, iż 22 marca 1932 Hugo Junkers musiał złożyć wniosek o upadłość całego koncernu. 4 listopada 1932 przedsiębiorstwo Junkers & Co. GmbH sprzedano przedsiębiorstwu Bosch. Junkers stała się więc jedną z marek koncernu Bosch.
Jednocześnie Ministerstwo Lotnictwa Rzeszy Hermanna Göringa zagarnęło część – a po przedwczesnej śmierci przetrzymywanego w areszcie domowym Hugo Junkersa – całość akcji przedsiębiorstw Junkers Flugzeugwerk AG oraz Junkers Motorenbau GmbH. 5 lipca 1936 oba przedsiębiorstwa połączono Junkers Motorenbau und Junkers Flugzeugwerk w jedno przedsiębiorstwo Junkers Flugzeug- und Motorenwerke AG– odpowiedzialne za produkcję słynnych samolotów czasów II wojny światowej.