Pierwotnie Wawrzyszew należał do parafii św. Jana Chrzciciela w Warszawie; prawdopodobnie został z niej wydzielony jako nowa parafia w XV wieku, gdyż przed 1446 rokiem znajdował się tam kościół. Stąd erygowanie parafii wawrzyszewskiej w 1542 roku przez biskupa poznańskiego Benedykta Izdbieńskiego jest przez część historyków uważane za wtórne. W latach 1543–1548 w miejscowości wzniesiono kościół św. Marii Magdaleny z fundacji Baltazara Smosarskiego, nadwornego lekarza króla Zygmunta I Starego oraz dziedzica Wawrzyszewa i Burakowa. Przed 1603 rokiem w Wawrzyszewie działała również szkoła parafialna.
W 1653 roku Wawrzyszew miał 8 włók (ok. 135 ha) i do XVIII wieku należał do warszawskiego Zgromadzenia Sióstr Bernardynek. Wieś o nieregularnym układzie rozciągała się wąskim pasem na podmokłym terenie. W 1789 roku w miejscowości znajdowało się 20 domów.
Po 1777 roku w rejonie współczesnej ulicy Sokratesa powstał folwark hrabiego Podoskiego wraz z dworem właściciela. W 1794 roku Wawrzyszew ucierpiał w czasie walk podczas insurekcji kościuszkowskiej. W 1819 roku folwark Podoskiego został przejęty przez Instytut Agronomiczny z Marymontu, który po zmeliorowaniu gruntów rozpoczął tu doświadczalną hodowlę owiec.