Zespół prof. Lippischa podjął pracę nad nowym szybkim rakietowym samolotem doświadczalnym Me 163A, w układzie bezogonowym. Prototypy (V4, V5) ukończono w 1941 roku i oblatano jako szybowce (oznaczenia prototypów V1-V3 zarezerwowane były dla wcześniejszego samolotu łącznikowo-obserwacyjnego Bf 163). W sierpniu 1941 r., Me 163 AV4 odbył pierwszy lot napędzany silnikiem rakietowym Walter HWK R.II o ciągu 7,5 kN. Pilot Heini Dittmar (2 października 1941 r.) uzyskał prędkość 1003,67 km/h (0,84 Macha). Podjęto prace nad prototypem V1 docelowej odmiany bojowej Me-163B, a 13 wyprodukowanych samolotów Me-163A przeznaczono do szkolenia.
Samolot Me 163B został kompletnie przeprojektowany, zastosowano nowy silnik Walter-509 spalający paliwo złożone ze składników: utleniacza T-Stoff (nadtlenek wodoru) i paliwa właściwego C-Stoff (mieszanka wodzianu hydrazyny z alkoholem metylowym), mieszanych w komorze spalania. Silnik Walter HWK R.II pracował z paliwem jednoskładnikowym: nadtlenkiem wodoru, rozkładającym się pod wpływem nadmanganianu wapnia jako katalizatora. Prototyp V3 ukończono w maju 1942 roku i podjęto produkcję seryjną w odmianie B-0 i B-1. Zbudowano około 40 samolotów, zanim w sierpniu 1942 r. dotarł pierwszy silnik umożliwiający rozpoczęcie prób w locie.