było wyposażonych w silniki benzynowe, a pozostałe w silniki diesla.
Samoloty serii A/D były następnie wyposażane w silniki benzynowe BMW 132 (przeróbka na bombowiec E-1). Pierwsze egzemplarze dostarczono w maju 1938. Silnik ten był od początku planowany dla serii G, której produkcja rozpoczęła się w czerwcu 1938 z jednoczesnym przeszkleniem całej kabiny. W okresie od grudnia 1937 do lipca 1939 produkowano dla Luftwaffe i na eksport wyłącznie samoloty z silnikami benzynowymi. Łącznie zbudowano 476 egzemplarzy Ju 86 A/D z silnikiem Diesla i 142 egzemplarzy Ju 86G z silnikiem benzynowym jako samolotów seryjnych dla Luftwaffe. Junkers otrzymały początkowe zamówienie na 300 samolotów w celu przekształcenia serii A/D w serię E. 30 czerwca 1938 pierwsze 16 samolotów z tego zamówienia zostało dostarczone do Luftwaffe.
Z powodu pojawienia się lepszych bombowców i dużego zapotrzebowania na samoloty dalekiego rozpoznania, samoloty Ju 86 G w ilości 40 sztuk przebudowano na samoloty rozpoznawcze dużych wysokości Ju 86 P z kabiną ciśnieniową dla dwuosobowej załogi, które przy pułapie 12 000 m były nieosiągalne dla większości ówczesnych myśliwców.