Z różnych powodów obie te propozycje zostały wyeliminowane w roku 1937.
Prototypy thumb|left|Silnik Junkers Jumo 211 eksponowany w MLP w Krakowie Ju-88 V1 (prototyp nr 1) noszący cywilne oznaczenie D-AQEN został oblatany przez głównego oblatywacza Junkersa, Kindermana, 21 grudnia 1936. Próby odbywały się w Dessau, lecz nie informowano o nich oficjalnie i podobnie jak w przypadku Focke-Wulfa Fw 190 z 1939 roku nowy model samolotu pozostał tajemnicą dla wywiadu brytyjskiego. Ju-88 V1 rozbił się podczas startu do lotu, w czasie którego miano zademonstrować jego maksymalną prędkość. Następny prototyp – V2 nadal był wyposażony w silniki DB 600A, ale kolejny Ju-88 V3 posiadał już własne silniki Junkersa Jumo 211A, a także wyposażenie bojowe, uzbrojenie i możliwość zabrania 500 kg bomb. Ju-88 V4 miał już fotele dla całej czteroosobowej załogi, duży przeszklony nos, złożony z 20 płaskich elementów, oraz dolne stanowisko strzeleckie z karabinem maszynowym MG 15. Ostatnim prototypem zbudowanym od podstaw był Ju-88 V5 (D-ATYU) udoskonalony aerodynamicznie dla uzyskania minimalnego oporu i oblatany w kwietniu 1938. Ten właśnie samolot ustalił rekord prędkości lotu na odcinku 1000 km z ładunkiem 2000 kg wynoszący 517 km/h w 1939.