Ju 90V2 Preussen uległ katastrofie w Bathurst, jego imię własne odziedziczył V6.
Firma Junkers otrzymała zamówienie na budowę serii informacyjnej noszącej oznaczenie Ju 90B-1. W ramach tej serii zbudowano 10 egzemplarzy Ju 90 noszące numery seryjne od 90 0001 do 90 0010 oraz numery prototypowe od V5 do V14. Oblot samolotu 90 001 wykonano 24 lutego 1939 r. a 90 010 25 kwietnia 1940 r. W egzemplarzu V5 (Werk.Nr 90 001 Württemberg) testowano nową konstrukcję skrzydła, silniki BMW 139 oraz tylną rampę załadunkową. Rampa, napędzana hydraulicznie, pozwalała na podniesienie ogona samolotu i załadunek na pokład lekkich samochodów, tj. VW typ 82 Kübelwagen.
W egzemplarzu V7 Baden (Werk.Nr 90 003, D-ADFJ, GF+GH) testowano wydłużoną o 2 metry część ogonową. Egzemplarze V8 (Werk.Nr 90 004, DJ+YE, Hessen) i V9 (Werk.Nr 90 005) były przeznaczone dla South African Airways. Wybuch wojny uniemożliwił ich przekazanie odbiorcy.