Próby zakończyły się sukcesem – maszyna była stabilna, stosunkowo łatwa w pilotażu i miała dobre charakterystyki startowe.
W grudniu 1943 roku ukończono pierwsze cztery egzemplarze przedseryjne serii A-0. W kolejnych miesiącach powstało jeszcze sześć. Od wiosny 1944 ruszyła ograniczona produkcja wersji A-1, której zbudowano zaledwie 33 egzemplarze. Projektowane wersje B-1 i B-2 z silnikami BMW 801 nie weszły do produkcji.
Użytkowanie bojowe podczas II wojny światowej Pierwszym użytkownikiem Ju 352 była I./KG 200, jednostka Luftwaffe odpowiedzialna za operacje specjalne: zrzuty agentów, przerzuty zaopatrzenia, misje sabotażowe. Samoloty te wykorzystywano m.in. w rejonach Kurlandii, Prus Wschodnich, a także na trasach między bazami w Rzeszy.
Maszyny z tej serii operowały również w ramach Grossraum-Transportgruppe Luftflotte 1, wspierając oblężone jednostki niemieckie na froncie wschodnim. Poza KG 200 i Luftflotte 1, pojedyncze egzemplarze przydzielono do Transportgeschwader 4 oraz Fliegerstaffel des Führers, jednak ich udział był epizodyczny.
Ze względu na rozwijającą się dominację aliantów w powietrzu, Ju 352 używano głównie nocą lub o zmierzchu. W marcu 1945 rozwiązano większość transportowych jednostek Luftwaffe.