Jako uczestnik insurekcji kościuszkowskiej walczył w bitwach pod Racławicami (po której został awansowany na generał-lejtnanta za dowodzenie lewym skrzydłem), pod Chełmem i pod Gołkowem. Po wzięciu Tadeusza Kościuszki do niewoli przez krótki okres pełnił funkcję Wodza Naczelnego. Wchodził w skład Rady Najwyższej Narodowej, gdzie jako jakobin reprezentował lewicę. Był członkiem Sądu Kryminalnego Wojskowego i komendantem obrony Warszawy. Jego działalność na tym stanowisku, a szczególnie złe przygotowanie obrony Pragi, są krytykowane przez historyków. Nagrodzony złotą obrączką Ojczyzna Obrońcy Swemu nr 6Gazeta Rządowa, nr 69 11 września 1794 roku, s. 277.. Jeszcze przed kapitulacją wyjechał z miasta do Galicji, gdzie przez rok był internowany przez Austriaków.
Służba u Napoleona Zajączek przedostał się następnie do Francji i awansował na generała armii napoleońskiej. Brał udział w wyprawie Napoleona do Egiptu, gdzie pełnił funkcje gubernatora różnych prowincji oraz walczył z mamelukami, Turkami i Anglikami. Awansował na generała dywizji. Po klęsce Francji w Egipcie od 1802 r. służył we Francji i we Włoszech. W 1806 r. na rozkaz Napoleona organizował wojsko polskie – 1 Legię Północną, następnie od stycznia 1807 r. na ziemi kaliskiej Legię Kaliską, którą dowodził w kampanii pruskiej w 1807 r.