O tym zjawisku pisał Joachim Lelewel słowami: „co żyło, ukryć się zdołało, uchodziło odetchnąć na ziemiach słowiańskich, siedlić się w Polsce”; za panowania Władysława Hermana (1079–1102) dochodziło do „gromadnych wędrówek prześladowanych Żydów w granice Lechii”. Jednak zamieszki oraz akty gwałtu na tle wyznaniowym między katolikami a żydami miały miejsce jeszcze w średniowieczu, choć były to zdarzenia sporadyczne i miały charakter niesystemowy.
Wyraźne załamanie relacji tych dwu grup nastąpiło w połowie XVII w., gdy podczas wojny trzydziestoletniej doszło do prześladowań, a podczas pożogi na Kresach Wschodnich miały miejsce pogromy ludności żydowskiej, polskiej (szlachty) oraz ormiańskiej (podupadł wtedy też handel będący podstawą żydowskiej aktywności). Wzniecony w 1648 roku na Zaporożu przez dowódcę wojska kozackiego Bohdana Chmielnickiego konflikt, którego stroną była Rzeczpospolita, miał między innymi wymiar religijny, ponieważ większość magnatów była katolikami, z kolei Kozacy byli wyznawcami prawosławia. Sprzymierzeni z Tatarami Kozacy pozyskali liczną prawosławną ludność Ukrainy. Na obszarach objętych działaniami wojennymi (Wołyń, Podole, Ruś Czerwona) dochodziło do masowych morderstw dokonanych na polskiej szlachcie, ludności żydowskiej, a także ormiańskiej.