Świątynia za czasów Krzyżaków 150-letni okres rządów krzyżackich przyczynił się do rozwoju gospodarczego i społecznego Tczewa. Był on na tyle dynamiczny, że w 1328 roku miasto stać było na wykupienie od Zakonu wioski Śliwiny. W 1364 r., przy okazji powtórnej lokalizacji, wielki mistrz Winrich von Kniprode potwierdził m.in. prawa proboszcza do 3 włók ziemi. thumb|left|Gotyckie sklepienia prezbiterium Być może dochody z tych gruntów przyczyniły się do sfinalizowania prac, podjętych nad rozbudową kościoła w I poł. XIV w. Do wypalonej wieży dobudowano bryłę dzisiejszej świątyni. Prace rozpoczęto od prezbiterium i kontynuowano je, posuwając budowę nawy głównej i dwóch bocznych w stronę wieży. Do ściany północnej prezbiterium dostawiono zakrystię i skarbiec. W późniejszym okresie przestrzenie pomiędzy zewnętrznymi przyporami naw zabudowano, tworząc dwa ciągi kaplic. Całość zakończono przed rokiem 1364. Kościół otrzymał wtedy zachowaną do dziś formę czteroprzęsłowej, trzynawowej hali z trójprzęsłowym, pięciobocznie zamkniętym prezbiterium. Świadectwem tych prac są m.in. piękne, gotyckie sklepienia gwiaździste. Najstarsze z nich, o siatce żeber w kształcie sześcioramiennych gwiazd, znajduje się w prezbiterium.