Znaczenie komunikacyjne W 2011 z głównego dworca kolejowego w Moguncji korzystało dziennie około 60 000 podróżnych. Jest to początek Mainbahn do Frankfurt Dworzec Główny i przystanek na linii S 8 S-Bahn Rhein-Main, a od „drobnej zmiany rozkładu jazdy” w dniu 10 czerwca 2018 był również punktem końcowym linii S 6 na S-Bahn Rhein-Neckar z Mannheim Dworzec Główny. Łącznie 311 pociągów lokalnych (S-Bahn, Regional-Express i Regionalbahn) oraz 104 pociągi dalekobieżne (Intercity, Eurocity, Intercity-Express i CityNightLine) zatrzymują się codziennie w Moguncji (od 2009).
Dworzec kolejowy jest ważnym śródmiejskim węzłem tramwajowym i autobusowym, a także punktem początkowym regionalnych linii autobusowych.
Wraz z uruchomieniem dalekobieżnych usług autobusowych w Niemczech od 2013 niektóre dalekobieżne linie autobusowe biorą swój początek przy dworcu głównym. Stąd kursował autobus wahadłowy na lotnisko Frankfurt-Hahn.