Można wyróżnić trzy odrębne typy morfemów: morfemy leksykalne (rdzenne), samodzielne lub związane, obecne w każdym leksemie, o dominującej funkcji semantycznej, które odsyłają do świata pozajęzykowego, pełniąc funkcję referencjalną (np. kot-, pies-/ps-), morfemy słowotwórcze, niesamodzielne, o dominującej funkcji semantycznej, współtworzące leksemy pochodne, do tej grupy zaliczamy prefiksy (np. za- w zanieść), interfiksy (np. -o- w parowóz) oraz sufiksy (np. -ek w kotek), morfemy fleksyjne (gramatyczne), niesamodzielne, o dominującej funkcji syntaktycznej, tworzące konstrukcje regularne, sygnalizujące podrzędność syntaktyczną (np. -em w kotem sygnalizuje, że nastąpiła konotacja rzeczownika w narzędniku). Istnieją też tzw. morfemy zerowe – nieprzedstawiające sobą żadnego dźwięku.
Przykład struktury morfemowej Robotnicy idą do fabryki morfem robot – oznaczający pracę; morfem nic – allomorf morfemu nik oznaczającego wykonawcę czynności; morfem y – mianownik liczby mnogiej rzeczowników rodzaju męskiego, wymusił on wybór formy nic zamiast nik; morfem id – oznaczający poruszanie się; morfem ą – trzecia osoba, liczba mnoga, czas teraźniejszy; morfem do – kierunek ruchu; morfem fabryk – fabryka; morfem i – dopełniacz liczby pojedynczej rzeczowników rodzaju żeńskiego.