W czasach nowożytnych termin inkwizycja oznacza zbiorczą nazwę osobnych instytucji kościelnych działających w monarchii hiszpańskiej (inkwizycja hiszpańska), portugalskiej (inkwizycja portugalska) oraz na terenie państw włoskich (inkwizycja rzymska), których głównym zadaniem było zwalczanie herezji i pilnowanie ortodoksji katolików mieszkających na obszarze podlegających ich jurysdykcji.
W ciągu przeszło 600 lat działalności sądy inkwizycyjne skazały na różne kary kilkaset tysięcy osób, z czego prawdopodobnie kilkanaście tysięcy zostało straconych.
Inkwizycja stanowi jeden z najbardziej kontrowersyjnych tematów z historii Kościoła katolickiego, obecny w polemikach międzyreligijnych, antyreligijnych i antyklerykalnych.
W języku potocznym termin ten bywa używany jako synonim kontroli sumień i poglądów przez władzę.
Historia Geneza thumb|Spalenie ciała Arnolda z Brescii Inkwizycja została powołana jako odpowiedź Kościoła katolickiego na szerzące się w wielu regionach Europy ruchy heretyckie.
W XI wieku w różnych miejscach ujawniały się grupy wiernych sprzeciwiających się doktrynie Kościoła, np.