Od północy graniczy z Krajną, południową granicą jest rzeka Wełna.
Najstarszymi pozostałościami na terenie Biskupina są obozowiska łowców reniferów sprzed 10 tysięcy lat (górny paleolit), a także neolityczne domostwa pierwszych rolników, położone na wschód od osady łużyckiej, interpretowane jako osada neolityczna z IV tysiąclecia. p.n.e. oraz kraal z wczesnej epoki brązu, otoczony systemem rowów.
Pierwotna łużycka osada obronna została opuszczona w VI wieku p.n.e. z powodu podniesienia się poziomu wody w jeziorze Biskupińskim wskutek zmian klimatycznych i wyeksploatowania środowiska naturalnego (drewno, erozja gleb). W V i IV wieku p.n.e. powstała na jej miejscu osada otwarta. Ludność Biskupina zajmowała się rolnictwem, rybołówstwem, zbieractwem i rzemiosłem (garncarstwo, tkactwo).
Na zachód od osady łużyckiej we wczesnym średniowieczu funkcjonowały grody i tzw. wioska wczesnopiastowska (VIII–XI wiek). Ostateczny upadek Biskupina, w ujęciu historycznym, wiąże się ze wzrostem znaczenia Piastów. W XI wieku obszary te należały do biskupstwa gnieźnieńskiego, o czym wspomina bulla Innocentego II (1136).