Od roku 1466 występował jako kanonik kapituły wrocławskiej. W Krakowie osiedlił się w roku 1469. Został członkiem krakowskiej kapituły katedralnej, a od roku 1470 piastował godność lekarza kapituły krakowskiej oraz członka fakultetu lekarskiego Akademii Krakowskiej (medycynę wykładał tam przez ćwierćwiecze, aż do końca życia). Jego biegłość w sztuce medycznej sprawiła, że król Kazimierz IV Jagiellończyk mianował go swym lekarzem nadwornym (przybocznym) i opiekunem swoich synów.
Data śmierci Jana Stanki nie jest znana. Według jednych autorów zmarł on przed 9 października 1493 roku, według innych – przed 29 kwietnia 1494 roku. Ogromny, zgromadzony przez długie lata księgozbiór, liczący 46 woluminów zawierających kodeksy z różnych dziedzin, zapisał uczony bibliotece krakowskiej kapituły katedralnej. Wykonawca testamentu, kardynał Fryderyk Jagiellończyk, oddał prawo dysponowania księgozbiorem kapitule wrocławskiej, a ta zezwoliła na pozostawienie w Krakowie jedynie dzieł teologicznych i prawniczych, które zgromadził w swym księgozbiorze Stanko.