Les Misérables W roku 1993 Lea zakończyła pierwszą turę występów w Miss Saigon i została zaangażowana do broadwayowskiej wersji Les Misérables jako Eponina. W roku 1995 Cameron Mackintosh zaprosił ją do odtworzenia tej partii w koncercie z okazji 10 rocznicy anglojęzycznej premiery (w londyńskim Royal Albert Hall).Les Miserables: „Tony Award winner to join the cast as Fantine”.. Rok później Salonga znalazła się w obsadzie londyńskiej Les Miserables, później brała udział w tournée spektaklu po USA i Hawajach. W 2007 Lea Salonga wróciła ponownie do spektaklu, tym razem otrzymała w broadwayowskim wznowieniu rolę Fantyny„Lea Salonga w Les Miserables”}. W październiku 2010 roku Lea wystąpiła ponownie jako Fantyna w jubileuszowym spektaklu z okazji 25 rocznicy brytyjskiej premiery..
Inne występy Lea w międzyczasie występowała w wielu musicalach na Filipinach, między innymi: Grease w 1994 jako Sandy They’re Playing Our Song Into the Woods W roku 1998 wzięła udział w rocznicowym koncercie poświęconym producentowi Cameron Mackintoshowi pod tytułem „Hey Mr. Producer: The Musical World of Cameron Mackintosh”. W 2002, Salonga wróciła na Broadway grając rolę w musicalu Flower Drum Song