Większość krytycznych uwag pod adresem Biblii Paulistów odnosi się do wydania Nowego Testamentu i Psalmów z 2005 r. W nowszych wydaniach z 2008 i 2009 r. starano się wyeliminować zauważone usterki, co pozytywnie wpłynęło na szatę językową przekładu.
Pewne kontrowersje wzbudziły w mediach niektóre decyzje tłumaczyNie ma już "błogosławionych" - są "szczęśliwi", przedruk z gazeta.pl 2005-09-24, np. fragment Modlitwy Pańskiej przetłumaczono następująco: I daruj nam nasze długi, jak i my darowaliśmy naszym dłużnikom. (Mt 6,12), co jest zerwaniem z tradycyjnym tłumaczeniem tej modlitwy. Przedstawiciele zespołu biblijnego twierdzili jednak, że podobne zmiany mają przybliżyć oryginalny sens Nowego Testamentu. Ewangelista Mateusz używał określenia handlowego „długi”, podczas gdy Łukasz: „winy”. Pełne wydanie ST i NT w 2008 powróciło do tradycyjnego słowa „winy”, alternatywne tłumaczenie przenosząc do przypisów.
Wiele krytycznych uwag ze strony językoznawców i czytelników padło też pod adresem przekładu Psalmów, który ukazał się wraz z wydaniem Nowego Testamentu w 2005 r.