Zachodzą w toni wodnej, warstwie przydennej, podłożu, na roślinach, elementach wystroju, ściankach zbiornika i zanurzonych w nim urządzeń oraz w połączonych ze zbiornikiem urządzeniach transportujących wodę, jeśli takie zainstalowano.
W celu utrzymania stanu równowagi biologicznej, w akwarystyce stosuje się niektóre ze znanych w inżynierii środowiska metod oczyszczania ścieków. Jedną z nich jest filtracja w specjalnie do tego przeznaczonych zbiornikach wyposażonych w warstwy filtrujące zawierające gęstą zawiesinę mikroorganizmów uczestniczących w procesach rozkładu materii (tzw. osad czynny). Przy zachowaniu odpowiedniego natlenienia takich warstw możliwe jest utrzymanie stanu równowagi całego układu.
Typy filtrów Ze względu na lokalizację względem akwarium rozróżniane są filtry zewnętrzne i wewnętrzne.
W akwarium morskim rolę wewnętrznego filtra biologicznego spełnia tzw. żywa skała.
W mniejszych akwariach słodkowodnych funkcję filtra biologicznego może pełnić odpowiednio dobrany filtr wewnętrzny. W większych zbiornikach wykorzystuje się w tym celu filtry zewnętrzne – produkowane komercyjnie (np. filtr kubełkowy) oraz wykonywane metodą DIY.