Jedynowładca Następne lata Samuel poświęcił konsolidacji państwa. Przywrócił też autorytet niezależnemu patriarsze bułgarskiemu. Następca patriarchy Damiana przeniósł się ze Sredca do Wodeny, a stamtąd do Prespy, prawdopodobnie w ślad za przesuwającym się centrum państwa Samuela, który początkowo rezydował w Wodenie, następnie przez dłuższy czas w Prespie, by ostatecznie przenieść się od Ochrydy. Następca Germana patriarcha Filip przeniósł ostatecznie stolicę patriarchatu do Ochrydy. Ochrydzie jako niezależnemu ośrodkowi kościelnemu sądzone było zresztą przetrwać upadek Samuelowego państwa. Pomimo silnych związków z hierarchią kościelną w okresie panowania Samuela nie zanotowano prześladowań bogomiłów. Być może, że na ziemiach macedońskich, stanowiących ośrodek państwa, gdzie nad rozwojem wiary chrześcijańskiej pracował Klemens z Ochrydy wpływy bogomilskie nie były wielkie. W ogóle w okresie jego panowania nie wiadomo nic o wewnętrznych sporach, tak gwałtownych za panowania cara Piotra. Możliwe że i tutaj istotne znaczenie miało przesunięcie punktu ciężkości państwa.