Był jednocześnie żołnierzem Armii Krajowej (ps. „ksiądz Marek”, „ojciec Tomasz”), a podczas powstania oficjalnym kapelanem KG AK, batalionów „Wigry” i „Gustaw”. Po kapitulacji Starówki 2 września 1944 r. został wraz z rannymi w szpitalu przy ul. Długiej, gdzie był naocznym świadkiem zbrodni ludobójstwa dokonanej przez wojska niemieckie na pacjentach tej placówki. Uciekł z niewoli, przeżył miesiąc w jednej z ocalałych piwnic Starówki. Po upadku powstania pełnił funkcję duszpasterza w podwarszawskich miejscowościach. Odprowadzał do zbiorowej mogiły poległych 13 sierpnia 1944 od wybuchu czołgu-pułapki na ul. Kilińskiego na warszawskim Starym Mieście.
Wszedł w skład Biura Studiów powołanego w październiku 1944 w Krakowie przez byłego prezesa Rady Głównej Opiekuńczej Adama Ronikiera jako zalążek kolaboracyjnego samorządu polskiego, który miał organizować aprowizację dla Trzeciej Rzeszy w ostatniej fazie wojny pod hasłem ratowania Polski przed komunizmem.