W Prusach Wschodnich pozostały 3 i 4 Armia oraz niewielka część 2 Armii, natomiast reszta 2 Armii została zepchnięta na linię Wisły i Nogatu.

W nocy z 26 na 27 stycznia rozpoczął się kontratak niemiecki, którego celem było przebicie się odciętych sił 4 Armii w kierunku Malborka. Natarcie wyszło z rejonu na zachód od Lidzbarka Warmińskiego i pomimo początkowych sukcesów (m.in. odbicia Ornety) załamało się po osiągnięciu Pasłęka i Młynar. Ściągnięte posiłki radzieckie ustabilizowały front, a następnie odepchnęły Niemców na linię Orneta – Braniewo, podczas gdy 3 Front Białoruski, kontynuując ofensywę, dotarł do wybrzeża Zalewu Wiślanego na południe od Królewca, tym samym zamykając pod koniec stycznia w kotle Braniewo – Orneta – Dobre Miasto – Bisztynek – Sępopol – Frydland – Pokarmin główne siły 4 Armii (w sumie około 20 dywizji). Równocześnie z tymi wydarzeniami 27 stycznia szturmem zajęto Kłajpedę, a 1 lutego zlikwidowano opór w okrążonym Toruniu.

Trzeci etap operacji Celem ostatniego etapu operacji wschodniopruskiej była neutralizacja odciętych w Prusach Wschodnich wojsk niemieckich.