W 1600 roku rada kozacka wybrała go hetmanem zaporoskim, buławę przejął po Tychonie Bajbuzie. Jako hetman dążył do odbudowy przywilejów kozackich z czasów Stefana Batorego, ograniczonych po powstaniu Nalewajki, przez sejm w 1597. Gdy wiosną 1600 przybył na Sicz poseł hetmana Jana Zamoyskiego, Jan Oryszowski, którego zadaniem było przekonanie kozaków do wyprawy na Mołdawię, Koszka zażądał zniesienia banicji dla byłych powstańców, przywrócenia samorządu z czasów batoriańskich, zapłaty żołdu oraz zwrotu Trechtimirowa. Zaporożcy mieli walczyć jako samodzielna jednostka pod komendą Zamoyskiego. Po uzgodnieniach i obietnicach Zamoyskiego poparcia postulatów kozackich na sejmie, 16 lipca 1600 Koszka na czele 4 tysięcy zaporożców wyruszył do Trembowli, miejsca koncentracji wojsk polskich, wyznaczonego przez Zamoyskiego. Podczas przemarszu w niejasnych okolicznościach, został oskarżony o zdradę i współpracę z hospodarem mołdawskim Michałem Walecznym, Koszka został uwięziony, nowym hetmanem wybrano jego rywala Gabriela Krutniewicza. O sprawie powiadomiono Zamoyskiego listownie. Kozacy nie dotarli na czas do Trembowli, dołączyli do wojsk koronnych 11 października, na terenie Mołdawii, pod wsią Buzen.