Woda jest też konieczna do zapłodnienia – zaopatrzone w wić plemniki powstające w plemniach poruszając się w środowisku wodnym dotrzeć mogą do rodni i dokonać zapłodnienia. W jego rezultacie rozwija się pokolenie diploidalne – sporofit, co też kończy życie gametofitu. U niektórych przedstawicieli gametofit jest długotrwały, zwłaszcza jeśli warunki nie sprzyjają zapłodnieniu (np. u rozpłochowatych i orliczkowatych).
Sporofit Pokolenie dominujące, będące rośliną naczyniową, ze zróżnicowanymi organami i tkankami, wytwarzające zarodniki. Są to zazwyczaj rośliny zielne, wyjątkowo drzewiaste. Paprocie nie mają możliwości tworzenia tkanki wtórnej, a tym samym przyrostu na grubość. Zarodniki powstają w zarodniach, które u starszych grup, zwanych paprociami grubozarodniowymi, powstają z grup komórek, a u paproci cienkozarodniowych z pojedynczej komórki. Zarodnie powstają na spodniej stronie liścia (sporofila), często odmiennie wykształconego niż liście płonne. U różnych grup zarodnie tworzą skupienia w formie kupek (sori) lub synangiów (synangium).