Wtedy to Simón Bolívar przejął rządy w Bogocie i uczynił ją stolicą federacji Gran Colombia (Wielka Kolumbia), obejmującej terytoria Panamy, Kolumbii, Wenezueli i Ekwadoru. Po rozbiciu federacji na odrębne państwa Bogota do 1830 pozostała stolicą Republiki Nowej Granady, a w później stolicą Kolumbii.
W XIX wieku rozwój gospodarczy miasta był zahamowany przez walki o władzę polityczną oraz izolację geograficzną. W kwietniu 1948 roku w mieście wybuchły zamieszki i akty przemocy (tzw. bogotazo), które doprowadziły do znacznych zniszczeń w mieście. Niepokoje społeczne zakończyły się w 1958 roku po osiągnięciu porozumienia pomiędzy partią liberalną a konserwatywną.
30 kwietnia 1948 roku w mieście odbyła się IX Międzynarodowa Konferencja Państw Amerykańskich, podczas której ustanowiono Organizację Państw Amerykańskich oraz zawarto traktat międzyamerykański o pokojowym załatwianiu sporów. W 1955 roku miasto uzyskało status Dystryktu Specjalnego. W tym samym roku w mieście ustanowiono sekretariat CELAM.