Księciem pruskim został w 1618 po śmierci swojego teścia Albrechta Fryderyka.
16 marca 1612 zatwierdził wilkierze cechów sukienników dla Działdowa, Nidzicy, Pasymia i Olsztynka, a 15 maja 1612 potwierdził prawa miejskie dla Giżycka. W Boże Narodzenie 1613 () zmienił wyznanie przechodząc z luteranizmu na kalwinizm. Na żądanie polskiego króla zgodził się na pewne koncesje na rzecz katolików na terenie protestanckich Prus Książęcych. Do odbudowanej w 1618 r. kaplicy w Świętej Lipce ponownie zaczęli ściągać pielgrzymi z Polski, Warmii i pruskich Mazur.
W 1614 na mocy układu z Dortmundu, po pięcioletniej wojnie o sukcesję po zmarłym bezpotomnie w 1609 Janie Wilhelmie, władcy Jülich-Kleve-Berg, dołączył do swych włości Mark i Kleve. Po śmierci Jana Zygmunta następcą w Prusach Książęcych został jego najstarszy syn Jerzy Wilhelm.
Jan Zygmunt był zapalonym myśliwym. W latach 1612–1619 upolował na terenie Mazur 15 żubrów, 112 łosi, 38 niedźwiedzi, 1998 jeleni oraz 2344 łanie.
Bibliografia
Th. Kirsch, Johann Sigismund, Allgemeine Deutsche Biographie, Bd 14, Leipzig 1880.