Zawiązując tymczasowe sojusze i wchodząc w niestałe zależności, rodzina Sanada zdołała przetrwać.
W 1585 klan Sanada stanął przeciwko Ieyasu Tokugawie. Siły Tokugawy liczące 7000 ludzi oblegały zamek Ueda, broniony przez 2000 żołnierzy. Masayuki odniósł zdecydowane zwycięstwo, powodując straty 3000 ludzi po stronie atakujących. Była to Pierwsza Bitwa o zamek Ueda i przyniosła Masayukiemu rozgłos w całym kraju.
W 1589 wasale Sanady mieli zatargi z klanem Hōjō, co ostatecznie doprowadziło do zniszczenia Hōjō przez armie Hideyoshiego Toyotomi.
Po śmierci Hideyoshiego w 1600, Masayuki wziął udział w bitwie pod Sekigaharą po stronie Mitsunariego Ishidy. Masayuki wysłał starszego syna, Nobuyukiego, do sił wschodnich, sam wraz z młodszym Yukimurą dołączając do armii zachodniej. Według niektórych teorii, ten ruch miał zabezpieczyć przetrwanie klanu Sanada. Masayuki ufortyfikował zamek Ueda, gdzie z siłami 2000 ludzi walczył przeciwko armii Hidetady Tokugawy, liczącej 38000 żołnierzy. Była to druga bitwa o zamek Ueda i mimo że nie było to zdecydowane zwycięstwo, Masayuki zadał Hidetadzie poważne straty i opóźnił go dostatecznie, by ten nie dotarł na główne pole bitwy na czas.