Funkcję tę pełnił do 29 stycznia 1992, gdy zrezygnował w związku z problemami gospodarczymi w kraju po transformacji ustrojowej.
W 1991 założył i stanął na czele Estońskiej Partii Centrum. Kierował nią do 1995, po czym w 1996 powrócił na funkcję przewodniczącego centrystów. Od 1992 do 1995 pełnił funkcję wicemarszałka Zgromadzenia Państwowego. Od lat 90. regularnie wybierany w skład Riigikogu, rezygnując z mandatu z uwagi na zakaz łączenia stanowisk. Od kwietnia do listopada 1995 zajmował stanowisko ministra spraw wewnętrznych. Został zdymisjonowany po tym, jak zarzucono mu udział w aferze związanej z nagrywaniem prywatnych rozmów polityków, by spowodować upadek rządzącego gabinetu. Edgaar Savisaar postanowił wówczas wycofać się z centralnej polityki. W 1996 wziął udział w wyborach lokalnych i został przewodniczącym rady miejskiej Tallinna (do 1999), pozostał również posłem do krajowego parlamentu.
Od grudnia 2001 do października 2004 sprawował urząd burmistrza Tallinna. Musiał ustąpić po przegłosowaniu wobec niego wotum nieufności. 13 kwietnia 2005 po wejściu Estońskiej Partii Centrum w skład nowej koalicji rządowej objął stanowisko ministra spraw gospodarczych i komunikacji w pierwszym rządzie Andrusa Ansipa, pełnił tę funkcję do 5 kwietnia 2007.