Po kampanii wrześniowej przedostał się do Francji. W maju 1940 gen. dyw. Władysław Sikorski mianował go II zastępcą komendanta głównego Związku Walki Zbrojnej, gen. broni Kazimierza Sosnkowskiego. Występując pod pseudonimem „Łukasz” odpowiadał za przygotowanie planów operacyjnych powstania w kraju oraz planów sabotaży i dywersji w kraju. Kierował pracą dwóch samodzielnych referatów: taktyczno-operacyjnego i informacyjnego. Podlegali mu kierownicy okupacji sowieckiej i niemieckiej. 21 czerwca przybył do Londynu.
29 czerwca Komenda Główna ZWZ została rozwiązana; utworzono ją w kraju, komendantem głównym mianując gen. Roweckiego. W jej miejsce przy Sztabie Naczelnego Wodza w Londynie utworzono „Samodzielny Wydział Krajowy” pod nazwą Oddział VI (Specjalny). Od czerwca pełnił obowiązki jego szefa, według Mariana Utnika „cieszył się dużym zaufaniem gen. Sosnkowskiego, sprawującego nadzór nad oddziałem, był kolegą szefa sztabu, gen. Klimeckiego, miał opinię wybitnego oficera sztabowego (...)