Rzym, Quebec, Boston W 1845 roku wyjechał do Rzymu, gdzie uzyskał święcenia duchowne. Rok wcześniej Bourbourg nawiązał znajomość z kanadyjskim ojcem Leonem Gingras. Duchowny przekonał swojego przyjaciela generalnego wikarego Quebecu w Kanadzie, ojca Charles-Félix Cazeau, by młody Bourbourg mógł uczęszczać do tamtejszego seminarium. Po święceniach za zgodą Arcybiskupa Josepha Signaya, jesienią 1645 roku, wyjechał do Kanady Brytyjskiej do miasta Quebec. Tam, Bourbourg, został na krótki czas profesorem historii kościoła w seminarium oraz rozpoczął prace badawcze na temat historii diecezji Quebec oraz XVII-wiecznego fundatora seminarium, pierwszego rzymskokatolickiego biskupa Quebec – Francis de Laval (dziś znany jako Uniwersytet Laval). Rezultaty jego badań zostały opublikowane w 1846 roku jako biografia Laval. Charakter tego dzieła, uznawanego jako po części pamflet, wzbudziło niezadowolenie wśród kanadyjskich współpracowników. Bourbourg zmuszony został do wyjazdu z Kanady.
Kolejnym etapem w życiu Bourbourg, był Boston, gdzie za protekcją biskupa Johna Bernarda Fitzpatricka został wikarym diecezji. Po nie całym roku powrócił do Europy, do Rzymu i Madrytu, gdzie rozpoczął studia nad historią Mezoameryki.