W czasie potopu szwedzkiego kościół został splądrowany. Najeźdźcy zabili o. Stanisława Janarowskiego, zaś diakona Felicjana z Sulmierzyc zamęczyli w sąsiednim Karbówku. Bernardyni użytkowali kościół i klasztor do kasaty w 1864. Prowadzili cieszącą się renomą szkołę męską, posiadali bogatą bibliotekę, z której zasobów korzystał m.in. Joachim Lelewel. Kilku zakonników zaangażowało się w działalność patriotyczną podczas powstania styczniowego. Po 1864 kościół był zarządzany przez rektora, a klasztor przeznaczono na cele świeckie.
W czasie I wojny światowej obiekty te były wielokrotnie niszczone. Od 1916 prace konserwatorskie przy kościele i klasztorze prowadzili z ramienia Towarzystwa Opieki nad Zabytkami Przeszłości Kazimierz Skórewicz i Kazimierz Tołłoczko. 17 czerwca 1923 nastąpiło przejęcie klasztoru w Przasnyszu przez Zgromadzenie Męki Jezusa Chrystusa – pasjonistów, w obecności delegata generała zakonu. Pasjoniści kontynuowali odbudowę kościoła i klasztoru ze zniszczeń wojennych. W l. 1924–1928 zrekonstruowano dach i strop kościoła oraz północne i częściowo pozostałe skrzydła klasztoru.