Przeważająca większość terytorium Macedonii Płn. leży w zlewisku Morza Egejskiego, tylko peryferyjne obszary nadgraniczne należą do innych zlewisk. Do zlewiska Morza Adriatyckiego należy południkowy pas terenów wzdłuż granicy z Albanią, oddzielony od centrum kraju pasmami górskimi Szar Płanina, Bistra, Plakenska Planina, Bigla i Baba. Do tego zlewiska należy również pozornie bezodpływowy obszar zlewni jeziora Prespa, z którego wody pod ziemią spływają do Jeziora Ochrydzkiego. Do zlewiska Morza Czarnego należy tylko jeden skrawek na północ od pasma górskiego Crna Gora.
Największą, najdłuższą i najważniejszą rzeką dzisiejszej Republiki Macedonii Północnej jest Wardar, od którego dawniej teren ten był zwany Macedonią Wardarską (w odróżnieniu od Macedonii Egejskiej i Macedonii Piryńskiej). Zlewnia Wardaru zajmuje 80% powierzchni kraju. Dolina Wardaru jest najważniejszym obszarem osadniczym Macedonii Płn. – leżą w niej miasta Gostiwar, Tetowo, stołeczne Skopje, Negotino i Gewgelija. Doliną Wardaru przebiegają również najważniejsze szlaki komunikacyjne Macedonii Północnej – droga i linia kolejowa ze Skopja i Kumanowa przez Gewgeliję do Salonik.
Rzeki w Macedonii Północnej nie są żeglowne.