Po grze w Celcie Silva wrócił do Valencii. Otrzymał ofertę z Tottenhamu Hotspur, jednak klub postanowił przedłużyć kontrakt z Hiszpanem i ostatecznie został on włączony do kadry pierwszego zespołu, w którym zastąpił Pablo Aimara, który odszedł do Realu Saragossa. Numer 21 otrzymał właśnie po nim. W barwach Valencii zadebiutował w 1. kolejce, w wygranym 2:1 meczu z Real Betis.
30 czerwca 2010 Manchester City ogłosił, że po zakończeniu Mistrzostw Świata 2010 Silva podpisze kontrakt z klubem. 15 lipca 2010 został oficjalnie zaprezentowany jako gracz Manchesteru City.
17 sierpnia 2020 roku powrócił do Hiszpanii, przeszedł do Realu Sociedad na zasadzie wolnego transferu.
27 lipca 2023 ogłosił zakończenie kariery z powodu poważnej kontuzji (zerwanie więzadła krzyżowego) odniesionej przed nadchodzącym sezonem.