Mikołaja i zamieniono kościół na magazyn i wozownię.
W czasie wojny siedmioletniej kościół używają wojska rosyjskie, stacjonujące tu od jesieni 1759 do wiosny 1760, kościół służy jako miejsce swojego zakwaterowania, a jednocześnie jest używany jako cerkiew. Następnie po odejściu Rosjan kościół służy jako magazyn i remiza strażacka. Taka eksploatacja- bez prowadzenia niezbędnej konserwacji spowodowała, że dach i belki stropowe groziły zawaleniem, gmach zatem znów popadł w ruinę.
Lata 70. XVIII wieku przyniosły potrzebę adaptacji budynku dla potrzeb miejskiego szkolnictwa. Po remoncie, od 1772 roku kościół św. Mikołaja był szkołą i internatem dla ubogich uczniówHalina Machura, Zdzisłąw Machura, Zofia Madela; PRZEDZIWNE DZIEJE KOŚCIOŁA ŚW. MIKOŁAJA I ZAKONU NORBERTANEK W SŁUPSKU, Słupsk 2004, s. 43..
Zaraz w pierwszych dniach po zajęciu Słupska w marcu 1945 roku żołnierze Armii Czerwonej powrzucali do wnętrz domów Starego Miasta kanistry z paliwem i podpalili całą starówkę. Po wielu domach pozostały tylko zgliszcza. Dawny kościół św. Mikołaja ponownie obrócił się w ruinę.