Jezioro ma wydłużony kształt, wynikający z położenia w obrębie południkowo przebiegającej rynny subglacjalnej rozdzielającej wysoczyzny: Kujawską (90-93: n.p.m.) i Gnieźnieńską (110–120 m n.p.m.) Głębokość rozcięcia wysoczyzn w stosunku do dna rynny wynosi od 20 do 50 m. Forma ta lokalnie wypełniona jest 5-10 metrowej miąższości osadami jeziornymi: gytią i torfami. Zachodnie stoki rynny są wyższe, lecz łagodniejsze, o szerokości około 750 m, a wschodnie węższe, o szerokości około 250 m, często mające postać klifu. W południowej części zbiornika w jego bezpośrednim otoczeniu występują torfy. Zbiornik ma długość 20,1 km, średnia szerokość wynosi 740 m, a średnia głębokość: 9,2 m.
Akwen jest przedzielony 5 sztucznymi groblami wykorzystywanymi jako drogi, bądź nasypy kolejowe. W związku z tym podzielony jest na cztery odrębne części, pomiędzy którymi następuje wymiana wody: jezioro Pakoskie Północne, Pakoskie Południowe, Bronisławskie i Kunowskie.